Konkursile saadeti üle neljasaja sel või möödunud aastal valminud teadustöö, millest parimatele jagati rahalisi auhindu kokku pea miljoni krooni väärtuses.

Tänavusele konkursile laekus rekordiline arv teadustöid – kokku 417, neist 133 bakalaureuse-, 168 magistri- ja 58 doktoritööd. Kui algusaastatel osalesid konkursil peamiselt kolme-nelja suurema kõrgkooli üliõpilased, siis sel aastal osales töid 25-st üli- ja kõrgkoolist. Üle poole osalenud üliõpilastest oli oma töö kaitsnud Tartu Ülikoolis. 2009. aasta Eesti üliõpilaste teadustööde riiklik konkurss  toimub alates 1991. aastast. Konkurssi korraldab Sihtasutus Archimedes koostöös  Haridus- ja Teadusministeeriumiga. Lisainfot konkursi kohta saab veebilehelt www.archimedes.ee/teadpop.

2009. a üliõpilaste teadustööde riikliku konkursi peapreemia:

• Pille Hallast, konkursitöö „Inimese ja šimpansi Luteiniseeriva hormooni/ Koorion Gonadotropiini beeta-subühiku (LHB/CGB) geeniklaster: liigisisene varieeruvus ning noorte duplitseeritud geenide lahknemine sõsar-liikides” eest;

Eesti üliõpilaste teadustööde preemiad 2009 bio- ja keskkonnateaduste valdkonnas

Magistriõppe üliõpilaste astmes:

• I preemia Tõnu Esko, konkursitöö „Eestlased Euroopa geneetilise struktuuri kaardil: geograafia ja geneetika korrelatsioon põhinedes Illumina Human370CNV genotüpiseermiskiibi andmetele” eest;

Terviseuuringute valdkonnas, magistriõppe üliõpilaste astmes:

• III preemia Kadri Vaidla, konkursitöö „Loote alleelide detekteerimine raseda naise vereplasmast APEX-2 meetodil” eest;

Doktoriõppe üliõpilaste astmes:

• I preemia Kristiina Rull, konkursitöö „Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühikut kodeerivate geenide polümorfismide ja ekspressioonimustrite seos korduva raseduse katkemisega” eest;
• III preemia Helen Puusepp, konkursitöö „Vaimse arengu mahajäämuse geneetilised põhjused Eestis: fragiilne X sündroom ja kreatiini transporteri defekt” eest;

Tänukirjad 1. preemia pälvinud teadustööde juhendajatele:

Andres Metspalu, Tõnu Esko konkursitöö „Eestlased Euroopa geneetilise struktuuri kaardil: geograafia ja geneetika korrelatsioon põhinedes Illumina Human370CNV genotüpiseermiskiibi andmetele” juhendamise eest bio- ja keskkonnateaduste valdkonnas;

Maris Laan, Kristiina Rulli konkursitöö „Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühikut kodeerivate geenide polümorfismide ja ekspressioonimustrite seos korduva raseduse katkemisega ” juhendamise eest terviseuuringute valdkonnas;

ja  Pille Hallasti konkursitöö „Inimese ja šimpansi Luteiniseeriva hormooni/ Koorion Gonadotropiini beeta-subühiku (LHB/CGB) geeniklaster: liigisisene varieeruvus ning noorte duplitseeritud geenide lahknemine sõsar-liikides”
   

Comparison of DNA extraction methods for multiplex PCR.
Viltrop T, Krjutškov K, Palta P, Metspalu A.
Anal Biochem. 2009 Nov 19. [Epub ahead of print]
DOI: 10.1016/j.ab.2009.11.026 PDF
 

Replication of novel susceptibility locus for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate on chromosome 8q24 in Estonian and Lithuanian patients.
Nikopensius T, Ambrozaitytė L, Ludwig KU, Birnbaum S, Jagomägi T, Saag M, Matulevičienė A, Linkevičienė L, Herms S, Knapp M, Hoffmann P, Nöthen MM, Kučinskas V, Metspalu A, Mangold E.
Am J Med Genet A. 2009 Oct 16;149A(11):2551-2553.

ROS1 Asp2213Asn polymorphism is not associated with coronary artery
disease in a Greek case-control study.
Theodoraki EV, Nikopensius T, Suhorutšenko J, Papamikos V, Kolovou GD,
Peppes V, Panagiotakos D, Limberi S, Zakopoulos N, Metspalu A,
Dedoussis GV.
Clin Chem Lab Med. 2009 Oct 28.
 

M. Kuningas, L. May, R. Tamm, D. van Bodegom, A H.J. van den Biggelaar,
J. J. Meij, M. Frölich, J. B. Ziem, H. E.D. Suchiman,  A. Metspalu, E. P. Slagboom and R. G.J. Westendorp.
Selection for Genetic Variation Inducing Pro-Inflammatory Responses under Adverse Environmental Conditions in a Ghanaian Population. PlosOne, 2009.
 

Maria Teresa Landi, Nilanjan Chatterjee, Kai Yu, Lynn R. Goldin, Alisa M. Goldstein,
Melissa Rotunno, Lisa Mirabello, Kevin Jacobs, William Wheeler, Meredith Yeager,
Andrew W. Bergen, Qizhai Li, Dario Consonni, Angela C. Pesatori, Sholom Wacholder, Michael Thun, Ryan Diver, Martin Oken, Jarmo Virtamo, Demetrius Albanes, Zhaoming Wang, Laurie Burdette, Kimberly F. Doheny, Elizabeth W. Pugh, Cathy Laurie, Paul Brennan, Rayjean Hung, Valerie Gaborieau, James D. McKay, Mark Lathrop, John McLaughlin, Ying Wang, Ming-Sound Tsao, Margaret R. Spitz, Yufei Wang, Hans Krokan, Lars Vatten, Frank Skorpen, Egil Arnesen, Simone Benhamou, Christine Bouchard, Andres Metsapalu, Tonu Vooder, Mari Nelis, Kristian Välk, John K. Field, Chu Chen, Gary Goodman, Patrick Sulem, Gudmar Thorleifsson, Thorunn Rafnar, Timothy Eisen, Wiebke Sauter, Albert Rosenberger, Heike Bickebo¨ller, Angela Risch, Jenny Chang-Claude, H. Erich Wichmann, Kari Stefansson, Richard Houlston,16 Christopher I. Amos, Joseph F. Fraumeni Jr., Sharon A. Savage, Pier Alberto Bertazzi, Margaret A. Tucker, Stephen Chanock, and Neil E. Caporaso
A Genome-wide Association Study of Lung Cancer Identifies a Region of Chromosome 5p15 Associated with Risk for Adenocarcinoma
The American Journal of Human Genetics 85, 1–13, November 13, 2009 PDF
 

Lips EH, Gaborieau V, McKay JD, Chabrier A, Hung RJ, Boffetta P, Hashibe M, Zaridze D, Szeszenia-Dabrowska N, Lissowska J, Rudnai P, Fabianova E, Mates D, Bencko V, Foretova L, Janout V, Field JK, Liloglou T, Xinarianos G, McLaughlin J, Liu G, Skorpen F, Elvestad MB, Hveem K, Vatten L, Study E, Benhamou S, Lagiou P, Holc?tov? I, Merletti F, Kjaerheim K, Agudo A, Castellsagué X, Macfarlane TV, Barzan L, Canova C, Lowry R, Conway DI, Znaor A, Healy C, Curado MP, Koifman S, Eluf-Neto J, Matos E, Menezes A, Fernandez L, Metspalu A, Heath S, Lathrop M, Brennan P.
Association between a 15q25 gene variant, smoking quantity and tobacco-related cancers among 17 000 individuals.
Int J Epidemiol. 2009 Sep 23.
 

Annilo T, Kepp K, Laan M. Natural antisense transcript of natriuretic peptide precursor A (NPPA): structural organization and modulation of NPPA expression.
BMC Mol Biol. 2009 Aug 11;10:81.

Esimese, 31. augustil toimuva Prof. Metspalu ettekande teemaks on "Kuidas kirjutada teadusartiklit".

Edasine ajakava ja esinejate järjekord on:

07. September                 Eduard Maron
14. September                 Janne Pullat
21. September                 Tom Haller
28. September                 Aime Keis
05. Oktoober                    Erkki Leego
12. Oktoober                    Aidula-Taie Kaasik
19. Oktoober                    Tõnu Esko
26. Oktoober                    Merli Hass
02. November                  prof. Andres Metspalu
09. November                  Helene Alavere
16. November                  Annely Allik
23. November                  Kadri Lilienthal
30. November                  Anu Reigo
07. Detsember                 Mari-Liis Tammesoo
14. Detsember                 Prof. Maido Remm
21. Detsember                 Andres Salumets

Avaseminar toimub juba 25. augustil. Ettekannete keeleks on inglise keel.
Palume esinejal saata oma ettekande teema nii biotech@ebc.ee  kui egv@geenivaramu.ee listi hiljemalt eelmisel päeval. Kui teile see päev ei sobi, peab esineja ise leidma kellega vahetada. Andke muudatustest teada ka merike.leego@ebc.ee, et saaks vastavad parandused ka veebis tehtud.

Seminars in Biotechnology Department will be this year also on Tuesdays in room 314, at 10.15. The opening seminar will be already on 25th of August. Presentations will be in English. Please send title of your talk to both lists biotech@ebc.ee  and  egv@geenivaramu.ee at least day before.  If the date is not suitable for you, please find yourself the person who could exchange it with you. Send also a note about the change to merike.leego@ebc.ee for web page update.

Loe lähemalt:  http://www.euengage.org/mariandtonu.html 

Fluorescent labeling of NASBA amplified tmRNA molecules for microarray applications
Ott Scheler, Barry Glynn, Sven Parkel, Priit Palta, Kadri Toome, Lauris Kaplinski, Maido Remm, Majella Maher and Ants Kurg 
BMC Biotechnology 2009, 9:45doi:10.1186/1472-6750-9-45, PDF

Mari Nelis, Tõnu Esko, Reedik Mägi, Fritz Zimprich, Alexander Zimprich, Draga Toncheva, Sena Karachanak, Tereza Piskáčková, Ivan Balaščák, Leena Peltonen, Eveliina Jakkula, Karola Rehnström, Mark Lathrop, Simon Heath, Pilar Galan, Stefan Schreiber, Thomas Meitinger, Arne Pfeufer, H-Erich Wichmann, Béla Melegh, Noémi Polgár, Daniela Toniolo, Paolo Gasparini, Pio D'Adamo, Janis Klovins, Liene Nikitina-Zake, Vaidutis Kučinskas, Jūratė Kasnauskienė, Jan Lubinski, Tadeusz Debniak, Svetlana Limborska, Andrey Khrunin, Xavier Estivill, Raquel Rabionet, Sara Marsal, Antonio Julià, Stylianos E. Antonarakis, Samuel Deutsch, Christelle Borel, Homa Attar, Maryline Gagnebin, Milan Macek, Michael Krawczak, Maido Remm, Andres Metspalu
Genetic Structure of Europeans: a view from the North-East
PlosOne 2009, http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0005472 
  

B W M van Bon, H C Mefford, B Menten, D A Koolen, A J Sharp, W M Nillesen, J W Innis, T J L de Ravel, C L Mercer, M Fichera, H Stewart, L E Connell, K Ounap, B Castle, N Van der Aa, C van Ravenswaaij, M A Nobrega, C Serra-Juhé, I Simonic, N de Leeuw, R Pfundt, E M Bongers, C Baker, P Finnemore, S Huang, V K Maloney, J A Crolla, M van Kalmthout, M Elia, G Vandeweyer, J P Fryns, S Janssens, N Foulds, S Reitano, K Smith, S Parkel, B Loeys, C G Woods, A Oostra, F Speleman, A C C Pereira, A Kurg, Lionel Willatt, S J L Knight, J R Vermeesch, C Romano, J C Barber, G Mortier, L A Perez-Jurado, F Kooy, H G Brunner, E E Eichler, T Kleefstra and B B A de Vries
Further delineation of the 15q13 microdeletion and duplication syndromes: A clinical spectrum varying from non-pathogenic to a severe outcome, 
J Med Genet. Published Online First: 15 April 2009. doi:10.1136/jmg.2008.063412, PDF
  

17. märtsil 2009 kaitses Helen Puusepp Ph.D. Teemal:

"The genetic causes of mental retardation in Estonia: fragile X syndrome and creatine transporter defect". ("Vaimse arengu mahajäämuse geneetilised põhjused Eestis: fragiilne X sündroom ja kreatiini transporteri defekt").
Juhendajad: prof Ants Kurg ja dots Katrin Õunap (TÜ lastekliinik).
Oponent: prof Ben Hamel (Radboud University Nijmegen Medical Centre, Holland).
  
----------------------------------------------------------------------------

25. märts 2009 kaitses Kristiina Rull Ph.D. Teemal:

"Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühiku geenide ekspressioon ja varieeruvus ning korduv raseduse iseeneslik katkemine".
Juhendajad: Prof.Maris Laan, Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool; Prof. Helle Karro, Sünnitusabi ja günekoloogia õppetool, Tartu Ülikooli Naistekliinik
Oponent:Prof. Marek Zygmunt, Greifswaldi Ernst-Moritz-Arndt nimeline ülikool
  

Khrunin A, Mihailov E, Nikopensius T, Krjutškov K, Limborska S, Metspalu A.
Analysis of Allele and Haplotype Diversity Across 25 Genomic Regions in Three Eastern European Populations.
Hum Hered 2009;68:35-44 (DOI: 10.1159/000210447)
   

Our department is organizing The 2nd Lifespan and Link-Age Young Investigator Workshop

The workshop will be held in Tartu, Hotel London on 14-18^th of June 2009.
More information about the workshop can be found from HERE.
   

Ilma sisse logimiseta saab vaadata registreeringuid teatud masinale. Oma registreeringu panemiseks peab logima sisse. Isikliku profiili (mida on vaja sisse logimiseks) tegemiseks saada  oma nimi, perekonnanimi ja õppetool aadressile lubenets@ut.ee.

Natuke programmist. Kõige olulisem on see, et kalender on masina spetsiifiline. Selleks, et vaadata registreeringuid PEAB valima tulbast „Show Events for” mingi konkreetne masin ja vajutama „GO“. Kalendri ala on interaktiivne. Selleks, et aega broneerida peab valima hiirega vastavad read kalendrist. Avaneb uus aken. Uues aknas ritta „Title“ Te peate kirjutama oma nime, perekonnanime ja kontakt telefoni (või ruumi numbri). Reast „Group“ valige masin, mida soovite broneerida. Reast „Category“ valige oma õppetool. Õppetooli valimine on hädavajalik kuna see oluliselt lihtsustab info haldamist. Broneeringu panemiseks vajutage nupule „Add Event“. Kontrollige, kas Teie broneering ilmus kalendri alal.

Küsimustega palun pöörduge Dmitri Lubenets poole (e-mail: lubenets@ut.ee, Tel: 7375061).
  

Puusepp H, Zilina O, Teek R, Männik K, Parkel S, Kruustük K, Kuuse K, Kurg A, Ounap K. 5.9 "Mb microdeletion in chromosome band 17q22-q23.2 associated with tracheo-esophageal fistula and conductive hearing loss." 
Eur J Med Genet. 2009 Jan-Feb;52(1):71-4.

Van der Aa N, Rooms L, Vandeweyer G, van den Ende J, Reyniers E, Fichera M, Romano C, Delle Chiaie B, Mortier G, Menten B, Destrée A, Maystadt I, Männik K, Kurg A, Reimand T, McMullan D, Oley C, Brueton L, Bongers EM, Bregje W Bon MV, Pfund R, Jacquemont S, Ferrarini A, Martinet D, Schrander-Stumpel C, Stegmann AP, Frints SG, de Vries BB, Ceulemans B, Kooy RF. "Fourteen new cases contribute to the characterization of the 7q11.23 microduplication syndrome." Eur J Med Genet. 2009 Feb 26.
    

Eduard Maron, Phd, MD; Anu Tammiste; Kristi Kallassalu; Triin Eller; Veiko Vasar; David J Nutt; Andres Metspalu
SEROTONIN TRANSPORTER PROMOTER REGION POLYMORPHISMS DO NOT INFLUENCE TREATMENT RESPONSE TO ESCITALOPRAM IN PATIENTS WITH MAJOR DEPRESSION
European Neuropsychopharmacology, in press

Abstract: Several studies and meta-analyses have implicated a polymorphism in the promoter region of the serotonin transporter gene, 5-HTTLPR in treatment outcomes of selective serotonin re-uptake inhibitors in patients with major depression. In this study we investigated the impact of 5- HTTLPR and a functional 5-HTT SNP rs25531 on the treatment outcomes to escitalopram in depressive patients. The study sample consisted of 135 outpatients with Major Depressive Disorder (mean age 31.1 ± 11.6 years, 68% females) treated with escitalopram 10-20 mg/day for 12 weeks. There were no significant associations between 5-HTT promoter polymorphisms and response rate or mean change of depressive symptoms during escitalopram treatment. However we showed that patients carrying S allele of 5-HTTLPR polymorphism may have increased risk for some side effects, including headache, induced by escitalopram medication.

Olulisemad uudised sellega seoses:

1.     Alates 1. aprillist ‘09 ei saa enam tellida Human370K kiipe, nende tootmine lõpetatakse, nende asemel saate kasutada uut Cyto kiipi - HUMANCytoSNP-12 v1, millel on 300K markerit ja mis on kliinilise suunitlusega. Täpsem info http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=293.
Kahjuks on see aga kohmakas diagnostilisteks rakendusteks kuna kiibil analüüsitakse  korraga 12 proovi.
2.     Samuti lõpetatakse lähiajal Human610K kiipide tootmine, asemele tuleb HUMAN660w-QUAD kiip. Täpne kuupäev ei ole veel paigas.
3.     Ka HUMAN1M-DUO kiibile tuleb suve paiku up-date.
4.     Võimalik on tellida oma konfiguratsiooniga 6-60K kiipi (iselect custom panels), lisainfo: http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=158 , arendusel on ka 120K eritellimusel kiip
5.     Illumina pakub juurepääsu enam kui 8000 indiviidi genoomiandmetele, mis võiks olla sobivad teie katsete kontrollgrupiks (analüüsitud Illumina platvormil),  iControl DB: http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=231&source=DNA
6.     Illumina korjab kokku PubMedis avaldatud artiklid, mis on kasutanud Illumina platvormi.  http://www.illumina.com/publications/
7.     Hetkel on käimas 2 sooduskampaaniat kuni märtsi lõpuni:
Order any standard Infinium HD or Methylation BeadChip and receive a 50% discount on an equivalent number of samples on HumanHT-12 BeadChips. vt. ka http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=282
Order Human v3 or Mouse v2 Whole-Genome Expression BeadChips and receive a 50% discount on MicroRNA Expression Profiling Kits for up to an equivalent number of samples. vt. ka http://www.illumina.com/pages.ilmn?ID=240
  

2009. a.  kevadsemestri seminarid hakkavad toimuma teisipäeviti, kell 10, ruumis 314. Ettekannete keeleks on inglise keel.
Department seminars will be on Tuesdays in room 314 will be held in English, 

20.01.09          Maris Teder-Laving
27.01.09          Tarmo Annilo
03.02.09          Olga Zilina
10.02.09          Triin Viltrop
17.02.09          Eva Reinmaa
03.03.09          Ott Scheler
10.03.09          Marina Solovjova     
17.03.09          Tõnu Vooder
24.03.09          Margit Nõukas
31.03.09          Triin Laisk
07.04.09          Sven Parkel
14.04.09          Maris Alver
05.05.09          Tõnu Esko
12.05.09          Fred Väärtnõu
19.05.09          Riin Tamm, Marina Solovjova

Illumina esindaja, Reija Laitinen, on  meil külas 22. jaanuaril, neljapäeval.

Ta peab väikese ülevaate Illumina (uutest) toodetest kell 14.00 ruumis 314, Riia 23. Samas on teil ka võimalus tema käest otse küsimusi küsida.