1. Kui suur on andmemaht, mis tekib 1 proovi analüüsil?
Ühe 370K Duo kiibiga üle-genoomi genotüpiseerimisel tekkiv andmemaht on ligikaudu 1,57 GB, seega ühe proovi andmemaht 0,8 GB.  Samas ühe geeniekspressiooni kiibi analüüsiga tekib 1,1 GB, mis teeb proovi kohta 0,2 GB.

2. Kas andmetest tehakse ka tagavarakoopiaid?
Jah.

3. Mis formaadis edastab tuumiklabor andmefailid ja mis programmiga neid avada?
Andmeid väljastame kliendi soovile vastavalt:
- pildifailidena, mille korral tellija saab ise algandmeid analüüsida.
- tekstifailina, kus on toodud uuritava polümorfismi kood (rs number), asukoht genoomis, uuritavad DNAd ja genotüübid.
 - geeniekspressiooni korral on võimalik andmeid väljastada GeneSpringi sisendfailina.

4. Milliseid programme soovitate statistiliseks analüüsiks?
Illumina kiibiandmete esmaseks analüüsimiseks kasutame Illumina BeadStudio programmi. Statistiliseks analüüsiks on vabalt kättesaadav PLINK. Ise kasutame samuti SASil põhinevat JMPGenomics'it, SPSS-i, R-i, GeneSpring GX.

5. Kuidas hindate katse kvaliteeti ja milline on katse õnnestumise protsent?
Illumina on seadnud oma katsetele kõrged kvaliteedinõuded. Väga heaks katse õnnestumise piiriks loetakse 99%, heaks 98%. Katsete kvaliteet sõltub DNA/RNA kvaliteedist.

6. Milline peab olema uuritava DNA/RNA kvaliteet?
Tellija vastutab ise DNA/RNA kvaliteedi eest. Proov peab olema mitte-lagunenud ja kontsentratsioon eelnevalt kontrollitud. 

Nõuded DNAle:

Kõigi kommertsionaalsete DNA kiipide korral on nõutav DNA kogus 750 ng, 50 ng/ul (lahjendatud TE-s (10 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM EDTA ), kokku 15 ul. DNAde kvaliteedi kohta soovime geelelektroforeesi pilti või siis Nanotropi mõõtmise tulemusi.
DNAd võiksid soovitavalt olla pipeteeritud 96 mikrotiiterplaati.

GoldenGate platvormi korral on DNA kogus 2 ug, 50 ng/ul, kokku 40 ul, lahjendatud TE-s pH 8.

Nõuded RNAle:

RNA ettevalmistamine on tellija enda poolne. RNA ettevalmistamiseks kasutatakse Ambion® Illumina TotalPrep RNA Amplification Kit'i (24 reaktsiooni), 720 EUR+km. Enne sünteesimist soovitame eraldatud RNA mõõta Nanotropi või Agilent Bioanalyzeriga. Agilendi analüüs toimub 12-prooviste kiipidega, seega on soovitatav kulude optimiseerimise eesmärgil korraga mõõta 12-kordne arv proove.

Informatsioon RNA koguse ja sünteesimise kohta: http://www.ambion.com/techlib/prot/fm_IL1791.pdf

Copyright© Tartu University, Department of Biotechnology 2004