Estonian Biocentre, Biotechnology department of The Institute of Molecular and Cell Biology, Estonian Genome Center and Institute for Molecular Medicine Finland will have a joint meeting in Hotel "London" on 6th-7th of September 2010. Aim of the meeting is to introduce their scientific projects and discuss the future collaboration.

Venue: Hotel “London” Oxford Hall

Agenda in pdf. format can be downloaded here.

Augusti lõpus alustab taas EGV seminaridega. Seminaride aeg on nüüd teisipäeviti 10:00 – 11:00, mitte esmaspäeviti nagu vanasti! Esimene seminar toimub juba 31. augustil.
 

Järgmine Artur Linnu stipendiumikonkurss kuulutatakse välja 2011. aasta kevadel. Stipendiume antakse välja kord aastas.

Loe lisaks: http://www.genomics.ee/index.php?&nid=2603&add=1
 

1. Nagirnaja L, Rull K, Uusküla L, Hallast P, Grigorova M, Laan M (2010) Genomics and genetics of gonadotropin beta subunit genes: unique FSHB and duplicated LHB/CGB loci. Mol Cell Endocrinol, May 19. [Epub ahead of print]; doi: 10.1016/j.mce.2010.04.024
2. Männik J, Vaas P, Rull K, Teesalu P, Rebane T, Laan M (2010) Differential Expression Profile of Growth Hormone/Chorionic Somatomammotropin Genes in Placenta of Small- and Large-for-Gestational-Age Newborns. J Clin Endocrinol Metab. 95(5):2433-42
3. Kepp K, Org E, Sõber S, Kelgo P, Viigimaa M, Veldre G, Tõnisson N, Juhanson P, Putku M, Kindmark A, Kozich V, Laan M (2010) Hypervariable intronic region in NCX1 is enriched in short insertion-deletion polymorphisms and showed association with cardiovascular traits. BMC Med Genet 11:15.
4. Sõber S, Laan M, Annilo T (2010) MicroRNAs miR-124 and miR-135a are potential regulators of the mineralocorticoid receptor gene (NR3C2) expression. Biochem Biophys Res Commun 391(1): 727-32.
5. Grigorova M, Punab M, Poolamets O, Kelgo P, Ausmees K, Korrovits P, Vihljajev V, Laan M (2010) Increased Prevalance of the 211 T Allele of Follicle Stimulating Hormone (FSH) Subunit Promoter Polymorphism and Lower Serum FSH in Infertile Men. J Clin Endocrinol Metab 95(1): 100-108.
 

Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu direktor ja TÜ biotehnoloogia professor Andres Metspalule antakse audoktori regaalid üle täna kell 15 Vilniuse Ülikooli Jaani kirikus. „Professor Andres Metspalu on väga aktiivne, järjekindel ja uutest ideedest tulvil,“ ütles Vilniuse Ülikooli meditsiiniteaduskonna dekaan prof Zita Aušrelė Kučinskienė.

Dekaani sõnul seob prof Metspalu Vilniuse Ülikooliga aastatepikkune õppe- ja teadusalane koostöö ning rahvusvahelised uurimisprojektid. „Kahtlemata panustab prof Andres Metspalu audoktori tiitel Vilniuse Ülikooli auväärsesse kuvandisse maailmas.“

Professor Andres Metspalu kinnitas, et tema koostöö Vilniuse Ülikooli teadlastega on tõepoolest olnud tihe ning viljakandev. „Kui audoktori tiitel antakse, siis loomulikult on mul selle üle ainult hea meel.“

Tartu Ülikooli rektori prof Alar Karise sõnul on audoktori tiitli omistamine TÜ akadeemilise pere liikmetele oluline tervele Alma Materile. „See on suur tunnustus ja märk meie akadeemilise panuse rahvusvahelisusest.“


Andres Metspalu sündis 1951. aastal Lääne-Virumaal ja lõpetas 1969. aastal Rakke keskkooli. 1976. aastal lõpetas ta Tartu Ülikooli arstiteaduskonna ja sai teaduste kandidaadi kraadi 1979. aastal. Ta on end täiendanud Columbia ja Yale ülikoolis ning Baylori meditsiinikolledžis USAs, Max Plancki instituudis Berliinis ja oli valitud külalisteadlane Lyonis, rahvusvahelises vähiuuringute keskuses. 1980 sai ta ENSV riikliku teaduspreemia ja 2002 riikliku arstiteaduse preemia.

Alates 1974. aastast on prof Metspalu pidevalt töötanud Tartu Ülikoolis. Aastatel 1986−1992 töötas ta ka Eesti Biokeskuse teadusdirektorina ning alates 1992. aastast on ta Tartu Ülikooli biotehnoloogia korraline professor. Prof Metspalu rajas 1996. aastal Tartu Ülikooli Kliinikumi molekulaardiagnostika osakonna ja juhtis seda esimesed 12 aastat. 2007. aasta lõpus valiti ta Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu direktoriks.

Andres Metspalu peamine uurimisteema on inimese genoom ja geenianalüüsi tehnoloogia, täpsemalt biopangad, populatsiooni- ja inimese geneetika, mendeliaalsete ja komplekshaiguste geneetika, seosed geenide, keskkonnafaktorite, elustiili ja inimeste tervisliku seisundi vahel. Lisaks veel molekulaardiagnostika ja geenianalüüsi tehnoloogiate arendamise, eriti DNA kiibitehnoloogia. Alates 1992. aastast on ta avaldanud kokku üle 100 teadusartikli.


Vilniuse Ülikool on Leedu vanim kõrgharidusasutus, mis asutati 16. sajandil. Ülikoolil on 14 teaduskonda, 6 instituuti, 3 ülikooli haiglat ja 10 õppe- ja teaduskeskust. Vilniuse Ülikoolil on ligi 3 000 töötajat ning seal õpib enam kui 23 000 üliõpilast.
 

Nikopensius T, Birnbaum S, Ludwig KU, Jagomägi T, Saag M, Herms S, Knapp M, Hoffmann P, Nöthen MM, Metspalu A, Mangold E. Susceptibility locus for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate on chromosome 10q25 confers risk in Estonian patients. Eur J Oral Sci 2010; 118: 317-319.
 
Jagomägi T, Nikopensius T, Krjutškov K, Tammekivi V, Viltrop T, Saag M, Metspalu A. MTHFR and MSX1 contribute to the risk of nonsyndromic cleft lip/palate. Eur J Oral Sci 2010; 118: 213-220.

Lauris Kaplinski, Ott Scheler, Sven Parkel, Priit Palta, Kadri Toome, Ants Kurg and Maido Remm
Detection of tmRNA molecules on microarrays at low temperatures using helper oligonucleotides
BMC Biotechnology 2010, 10:34
  

Uus publikatsioon on vastu võetud:

Sequence variants at CHRNB3-CHRNA6 and CYP2A6 affect smoking behavior

Thorgeir E. Thorgeirsson, Daniel F. Gudbjartsson, Ida Surakka, Jacqueline M. Vink, Najaf Amin, Frank Geller, Patrick Sulem, Thorunn Rafnar, Tõnu Esko, Stefan Walter, Christian Gieger, Rajesh Rawal, Massimo Mangino, Inga Prokopenko , Reedik Mägi, Kaisu Keskitalo, Iris H. Gudjonsdottir, Solveig Gretarsdottir, Hreinn Stefansson, John R. Thompson, Yurii S. Aulchenko, Mari Nelis, Katja K. Aben, Martin den Heijer, Asger Dirksen, Haseem Ashraf, Nicole Soranzo, Ana M Valdes, Claire Steves, André G Uitterlinden, Albert Hofman, Anke Tönjes, Peter Kovacs, Jouke Jan Hottenga, Gonneke Willemsen, Nicole Vogelzangs, Angela Döring, Norbert Dahmen, Barbara Nitz, Michele L. Pergadia, Berta Saez, Veronica De Diego, Victoria Lezcano, Maria D. Garcia-Prats, Samuli Ripatti, Markus Perola, Johannes Kettunen, Anna-Liisa Hartikainen, Anneli Pouta, Jaana Laitinen, Matti Isohanni, Shen Huei-Yi, Maxine Allen, Maria Krestyaninova, Alistair S Hall, Gregory T. Jones, Andre M. van Rij, Thomas Mueller, Benjamin Dieplinger, Meinhard Haltmayer, Steinn Jonsson, Stefan E. Matthiasson, Hogni Oskarsson, Thorarinn Tyrfingsson, Lambertus A. Kiemeney, Jose I. Mayordomo, Jes S Lindholt, Jesper Holst Pedersen, Wilbur A. Franklin, Holly Wolf, Grant W. Montgomery, Andrew C. Heath, Nicholas G. Martin, Pamela A.F. Madden, Ina Giegling, Dan Rujescu, Marjo-Riitta Järvelin, Veikko Salomaa, Michael Stumvoll,Tim D Spector, H-Erich Wichmann, Andres Metspalu, Nilesh J. Samani, Brenda W. Penninx, Ben A. Oostra, Dorret I. Boomsma, Henning Tiemeier, Cornelia M. van Duijn, Jaakko Kaprio, Jeffrey R. Gulcher, The ENGAGE Consortium, Mark I. McCarthy, Leena Peltonen , Unnur Thorsteinsdottir1, Kari Stefansson
Nature genetics 2010, April 25
 

Ilmus uus publikatsioon:

Braschinsky M, Rannikmäe K, Tamm R, Metspalu A, Gross-Paju K, Haldre S.
Hereditaarset spastilist parapleegiat süsteemselt käsitlenud uuring Eestis tõi esile uusi andmeid.
Eesti Arst, 2010, 89(3), 165 - 170.
 

Uus publikatsioon vastu võetud:

Tamm R, Saks K, Pääsuke M. Research on ageing and longevity in Estonia. Reviews in Clinical Gerontology 2010; 20(3): x - x.
 

From Tuesday, 23.03.2010, our lab seminars will start again at 10:15
  

Mari Nelise doktoritöö kaitsmine toimub 9. aprillil ja Kaarel Krjutškovi doktoritöö kaitsmine 23. aprillil Riia 23 suures saalis (ruum nr. 217).

Ilmusid uued publikatsioonid:
 
Maron E, Hettema JM, Shlik J.
Advances in molecular genetics of panic disorder.
Mol Psychiatry. 2010 Jan 5.

Braschinsky M, Tamm R, Beetz C, Sachez-Ferrero E, Raukas E, Luus SM, Gross-Paju K, Boillot C, Canzian F, Metspalu A, Haldre S
Unique spectrum of SPAST variants in Estonian HSP patients: presence of benign missense changes but lack of exonic rearrangements.
BMC Neurol. 2010 Mar 9;10(1):17.
  

Ilmusid publikatsioonid:

Tamm R.
Novel human pathological mutations. Gene symbol: SPAST. Disease: Hereditary spastic paraplegia.
Hum Genet. 2010 Jan;127(1):112.

Saare M, Lamp M, Kaart T, Karro H, Kadastik U, Metspalu A, Peters M, Salumets A.
Polymorphisms in MMP-2 and MMP-9 promoter regions are associated with endometriosis.
Fertil Steril. 2010 Jan 23.

Theodoraki EV, Nikopensius T, Suhorutsenko J, Peppes V, Fili P, Kolovou G, Papamikos V, Richter D, Zakopoulos N, Krjutskov K, Metspalu A, Dedoussis GV.
Fibrinogen beta variants confer protection against coronary artery disease in a Greek case-control study.
BMC Med Genet. 2010 Feb 18;11(1):28.
 

Common variants in KCNN3 are associated with lone atrial fibrillation
Patrick T Ellinor, Kathryn L Lunetta, Nicole L Glazer, Arne Pfeufer, Alvaro Alonso,
Mina K Chung, Moritz F Sinner, Paul I W de Bakker, Martina Mueller, Steven A Lubitz, Ervin Fox, Dawood Darbar, Nicholas L Smith, Jonathan D Smith, Renate B Schnabel, Elsayed Z Soliman, Kenneth M Rice, David R Van Wagoner, Britt-M Beckmann, Charlotte van Noord, Ke Wang, Georg B Ehret, Jerome I Rotter, Stanley L Hazen, Gerhard Steinbeck, Albert V Smith, Lenore J Launer, Tamara B Harris, Seiko Makino, Mari Nelis, David J Milan, Siegfried Perz, Tõnu Esko, Anna Köttgen, Susanne Moebus, Christopher Newton-Cheh, Man Li, Stefan Möhlenkamp, Thomas J Wang, W H Linda Kao, Ramachandran S Vasan, Markus M Nöthen, Calum A MacRae, Bruno H Ch Stricker, Albert Hofman, André G Uitterlinden, Daniel Levy, Eric Boerwinkle, Andres Metspalu, Eric J Topol, Aravinda Chakravarti, Vilmundur Gudnason, Bruce M Psaty, Dan M Roden, Thomas Meitinger, H-Erich Wichmann, Jacqueline C M Witteman, John Barnard, Dan E Arking, Emelia J Benjamin, Susan R Heckbert & Stefan Kääb
Nat Genet. 2010 Mar;42(3):240-4, PDF

CLOCK Gene Variants Associate with Sleep Duration in Two Independent Populations
Karla V. Allebrandt, Maris Teder-Laving, Mahmut Akyol, Irene Pichler, Bertram Müller-Myhsok, Peter Pramstaller, Martha Merrow, Thomas Meitinger, Andreas Metspalu, and Till Roenneberg
BIOL PSYCHIATRY 2010;xx:xxx, doi:10.1016/j.biopsych.2009.12.026, PDF
 

A new highly penetrant form of obesity due to deletions on chromosome 16p11.2
R. G. Walters, S. Jacquemont, A. Valsesia, A. J. de Smith, D. Martinet, J. Andersson, M. Falchi, F. Chen, J. Andrieux, S. Lobbens, B. Delobel, F. Stutzmann, J. S. El-Sayed Moustafa, J.-C. Chèvre, C. Lecoeur, V. Vatin, S. Bouquillon, J. L. Buxton, O. Boute, M. Holder-Espinasse, J.-M. Cuisset, M.-P. Lemaitre, A.-E. Ambresin, A. Brioschi, M. Gaillard, V. Giusti, F. Fellmann, A. Ferrarini, N. Hadjikhani, D. Campion, A. Guilmatre, A. Goldenberg, N. Calmels, J.-L. Mandel, C. Le Caignec, A. David, B. Isidor, M.-P. Cordier, S. Dupuis-Girod, A. Labalme, D. Sanlaville, M. Béri-Dexheimer, P. Jonveaux, B. Leheup, K. Õunap, E. G. Bochukova, E. Henning, J. Keogh, R. J. Ellis, K. D. MacDermot, M. M. van Haelst, C. Vincent-Delorme, G. Plessis, R. Touraine, A. Philippe, V. Malan, M. Mathieu-Dramard, J. Chiesa, B. Blaumeiser, R. F. Kooy, R. Caiazzo, M. Pigeyre, B. Balkau, R. Sladek, S. Bergmann, V. Mooser, D. Waterworth, A. Reymond, P. Vollenweider, G. Waeber, A. Kurg, P. Palta, T. Esko, A. Metspalu, M. Nelis, P. Elliott, A.-L. Hartikainen, M. I. McCarthy, L. Peltonen, L. Carlsson, P. Jacobson, L. Sjöström, N. Huang, M. E. Hurles, S. O’Rahilly, I. S. Farooqi, K. Männik, M.-R. Jarvelin, F. Pattou, D. Meyre, A. J. Walley, L. J. M. Coin, A. I. F. Blakemore, P. Froguel & J. S. Beckmann
Nature 463, 671-675 (4 February 2010)
  

Biotehnoloogia õppetooli seminarid 2010 kevadsemestril toimuvad:

Teisipäeviti, ruumis 314, Riia 23 kell 10:00 (mitte 10.15)

12.01.2010         Signe Altmäe
19.01.2010         Tarmo Annilo
26.01.2010         Tõnu Esko
02.02.2010         Andres Metspalu
09.02.2010         Aune Ahman
16.02.2010         Triin Viltrop
23.02.2010         Triin Laisk
02.03.2010         Tõnu Vooder
09.03.2010         Mari Nelis
16.03.2010         Steven Smit
23.03.2010         -
30.03.2010         -
06.04.2010         -

13.04.2010         Polina Zjablovskaja, Olga Tsuiko

04.05.2010         Urmo Võsa, Marina Solovjova

11.05.2010         Sven Parkel, Maris Teder-Laving

18.05.2010         Ott Scheler

25.05.2010         Pille Pihlakas, Riin Tamm

Geenivaramu kevadsemestri seminarid toimuvad  esmaspäeviti EGV (Tiigi 61b) II korruse nõupidamisruumis kell 14:00  

04. Jaanuar        Janne Pullat   
11. Jaanuar        prof. Ants Kurg 
18. Jaanuar        Neeme Tõnisson 
25. Jaanuar        Erkki Leego    
01. Veebruar      Maarja Ränkel
08. Veebruar      prof. Maido Remm    
15. Veebruar      Kristjan Metsalu
22. Veebruar      prof. Andres Metspalu    
01. Märts           prof. Jaak Vilo      
08. Märts          Kadri Lilienthal
15. Märts          Mari Nelis
22. Märts          Tom Haller
29. Märts          Aime Keis
05. Aprill           Maris Teder-Laving
12. Aprill           Merli Hass
19. Aprill           Tõnu Esko
26. Aprill           Taie Kaasik
03. Mai             Kristi Pettai    
10. Mai             Anu Reigo
17. Mai             Lili Milani
24. Mai             Mari-Liis Tammesoo
31. Mai             Annely Allik
07. Juuni           Kaarel Krjutshkov
14. Juuni           Helene Alavere

Konkursile saadeti üle neljasaja sel või möödunud aastal valminud teadustöö, millest parimatele jagati rahalisi auhindu kokku pea miljoni krooni väärtuses.

Tänavusele konkursile laekus rekordiline arv teadustöid – kokku 417, neist 133 bakalaureuse-, 168 magistri- ja 58 doktoritööd. Kui algusaastatel osalesid konkursil peamiselt kolme-nelja suurema kõrgkooli üliõpilased, siis sel aastal osales töid 25-st üli- ja kõrgkoolist. Üle poole osalenud üliõpilastest oli oma töö kaitsnud Tartu Ülikoolis. 2009. aasta Eesti üliõpilaste teadustööde riiklik konkurss  toimub alates 1991. aastast. Konkurssi korraldab Sihtasutus Archimedes koostöös  Haridus- ja Teadusministeeriumiga. Lisainfot konkursi kohta saab veebilehelt www.archimedes.ee/teadpop.

2009. a üliõpilaste teadustööde riikliku konkursi peapreemia:

• Pille Hallast, konkursitöö „Inimese ja šimpansi Luteiniseeriva hormooni/ Koorion Gonadotropiini beeta-subühiku (LHB/CGB) geeniklaster: liigisisene varieeruvus ning noorte duplitseeritud geenide lahknemine sõsar-liikides” eest;

Eesti üliõpilaste teadustööde preemiad 2009 bio- ja keskkonnateaduste valdkonnas

Magistriõppe üliõpilaste astmes:

• I preemia Tõnu Esko, konkursitöö „Eestlased Euroopa geneetilise struktuuri kaardil: geograafia ja geneetika korrelatsioon põhinedes Illumina Human370CNV genotüpiseermiskiibi andmetele” eest;

Terviseuuringute valdkonnas, magistriõppe üliõpilaste astmes:

• III preemia Kadri Vaidla, konkursitöö „Loote alleelide detekteerimine raseda naise vereplasmast APEX-2 meetodil” eest;

Doktoriõppe üliõpilaste astmes:

• I preemia Kristiina Rull, konkursitöö „Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühikut kodeerivate geenide polümorfismide ja ekspressioonimustrite seos korduva raseduse katkemisega” eest;
• III preemia Helen Puusepp, konkursitöö „Vaimse arengu mahajäämuse geneetilised põhjused Eestis: fragiilne X sündroom ja kreatiini transporteri defekt” eest;

Tänukirjad 1. preemia pälvinud teadustööde juhendajatele:

Andres Metspalu, Tõnu Esko konkursitöö „Eestlased Euroopa geneetilise struktuuri kaardil: geograafia ja geneetika korrelatsioon põhinedes Illumina Human370CNV genotüpiseermiskiibi andmetele” juhendamise eest bio- ja keskkonnateaduste valdkonnas;

Maris Laan, Kristiina Rulli konkursitöö „Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühikut kodeerivate geenide polümorfismide ja ekspressioonimustrite seos korduva raseduse katkemisega ” juhendamise eest terviseuuringute valdkonnas;

ja  Pille Hallasti konkursitöö „Inimese ja šimpansi Luteiniseeriva hormooni/ Koorion Gonadotropiini beeta-subühiku (LHB/CGB) geeniklaster: liigisisene varieeruvus ning noorte duplitseeritud geenide lahknemine sõsar-liikides”